　百日咳菌（Bordetellapertussis）の感染によって起こる急性の気道感染症です。
　菌は飛沫感染によって鼻腔、咽頭などの上気道に感染、増殖、さらに百日咳毒素を初めとする様々な人に害を与える物質を産生します。
　最初はかぜ様症状で始まりますが、次第に咳がひどくなり、百日咳特有の咳発作（顔を真っ赤にしてコンコンと激しく咳込み、最後にヒューッと音を立てて大きく息を吸う発作）の症状が現れます。
　乳児では重症になり、特に新生児がかかると無呼吸となり致死的となることがあります。
　それに対して年長児や成人では典型的な症状がみられず診断が難しいことも少なくありません。